Exiguobacterium aestuarii é uma bactéria gram-positiva isolada de ambientes estuarinos, tolerando condições flutuantes de salinidade e temperatura típicas de habitats de maré. Habita marismas costeiras e sedimentos estuarinos onde participa da decomposição de matéria orgânica. Esta espécie é característica do gênero Exiguobacterium, tolerante ao estresse, encontrado em ambientes muito diversos.