Exiguobacterium aestuarii es una bacteria grampositiva aislada de ambientes estuarinos, que tolera las condiciones fluctuantes de salinidad y temperatura típicas de los hábitats de mareas. Habita marismas costeras y sedimentos estuarinos donde participa en la descomposición de materia orgánica. Esta especie es característica del género Exiguobacterium, tolerante al estrés, que se encuentra en entornos muy diversos.