Cyanobium bacillare é uma pequena cianobactéria unicelular em forma de bastonete da família Synechococcaceae, encontrada em habitats planctônicos de água doce e marinha. Contribui para a produção primária em ecossistemas aquáticos oligotróficos e faz parte da comunidade do picofitoplâncton. Seu estado de conservação não foi avaliado.